في عام 1389هـ تسلمت الجامعة أرض مساحتها تسعة ملايين متراً مربعاً لإنشاء مقراً جديداً يتسع لجميع كلياتها وإداراتها التي كانت موزعة في أماكن مختلفة داخل مدينة الرياض.
وفي عام 1392هـ تم إنشاء قسم في إدارة الجامعة يحمل مسمى (هيئة مشروع مباني الجامعة) وقد اقتصر دور هذا القسم في المرحلة الأولى على متابعة ما يقوم به المخططون من أعمال، ولم يكن به من العاملين سوى خمسة أشخاص بما فيهم مدير المشروع والإداريين.
ولما بدأ التنفيذ الفعلي لوحدات مشروع المدينة الجامعية عام 1397هـ كان لابد لإدارة المشروع هذه من أن تتطور وتنمو نمواً يتناسب مع حجم المسؤوليات المتزايدة. وهكذا تغير مسماها لتصبح (الإدارة العامة للمشاريع ) وتم دعمها بالخبراء والمهندسين والمؤهلين وتولت الإدارة العامة للمشاريع الإدارة والإشراف والمتابعة لجميع المنشآت الجامعية القائمة الآن في المدينة الجامعية إضافة إلى عدد من المنشآت في وحدات الجامعة داخل مدينة الرياض وخارجها وكذلك الإشراف والمتابعة لمشاريع فرعي الجامعة في القصيم وأبها.
وكان العمل يقوم على أساس (فرق عمل ) أي أن لكل مشروع أو مهمة معينة فريق عمل يتكون حسب طبيعة العمل المطلوب. وذلك لإعطاء المسؤولين مرونة في تكوين فرق العمل من مختلف التخصصات.
وفي عام 1412هـ رأت إدارة الجامعة أن تضم إدارة الصيانة إلى (الإدارة العامة للمشاريع والصيانة) وتنقسم إلى شعبتين شئون المشاريع وشئون الصيانة.
وفي نهاية 1426هـ أنشئت وكالة الجامعة للمشاريع والتي تمت بموافقة خادم الحرمين الشريفين رئيس مجلس التعليم العالي على محضر جلسة التعليم العالي (الأربعين) المعقود بتاريخ 1/12/1426هـ وتوجيهه البرقي الكريم رقم 4118/م ب وتاريخ 2/6/1427هـ .
وبموجب قرار معالي مدير الجامعة رقم 2729000937 وتاريخ 4/8/1429هـ تم فصل مهام المشاريع عن مهام الصيانة في الإدارة العامة للمشاريع والصيانة وتم إناطة تلك المهام بإدارتين مستقلتين وفقاً لما يلي:
"الإدارة العامة للمشاريع" وتناط بمهام المشاريع التي كانت تتولاها الإدارة العامة للمشاريع والصيانة وترتبط بسعادة وكيل الجامعة للمشاريع. "الإدارة العامة للصيانة" وتناط بمهام الصيانة التي كانت تتولاها الإدارة العامة للمشاريع والصيانة وترتبط بسعادة وكيل الجامعة للمشاريع. أنشئت إدارة تسمى (الإدارة العامة للدراسات والتصميم) ترتبط بسعادة وكيل الجامعة للمشاريع. كذلك تم إنشاء إدارة تسمى (الإدارة العامة للإشراف والتنفيذ) ترتبط بسعادة وكيل الجامعة للمشاريع. وقبل استحداث الإدارة الجديدة للإدارة العامة للدراسات والتصاميم والإدارة العامة للإشراف والتنفيذ كانت أعمال هاتين الإدارتين من دراسة وتصميم وإشراف على المشاريع تتم عن طريق الإدارة العامة للمشاريع.
وقد أنجزت الإدارة والحمد لله الكثير من تلك الدراسات والتصاميم وتم الإشراف عليها رغم كثرتها وأهميتها الخاصة وطبيعتها وخاصة الصرح العلمي العملاق المنطقة الأكاديمية لجامعة الملك سعود وكذلك الصرح الطبي التعليمي وهي كلية الطب ومستشفى الملك خالد الجامعي حيث تم إنجاز هذه المشاريع العملاقة بزمن قياسي ، وقد تم الاستفادة من الخبراء والمهندسين الذين تم استقطابهم منذ بداية العمل بهذا المشاريع..